L’infection urinaire est toujours diagnostiquée à l’aide de tests vieux de 140 ans

La cystite, ainsi que d'autres types d'infections urinaires, est une affection extrêmement courante, en particulier chez les femmes. On estime qu'entre 50 et 60 % des femmes souffrent de cystite. en souffriront à un moment ou à un autre de leur vie.

Il est donc important de bien le diagnostiquer. Le dépistage initial peut être effectué par des bandelettes urinaires. Toutefois, maintenant que les cas de bactéries résistantes aux antibiotiques sont nombreux, il est également conseillé de connaître la bactérie spécifique à l’origine de l’infection et, surtout, de savoir quels antibiotiques sont les plus efficaces contre elle. À cette fin, on effectue généralement des cultures sur gélose, qui donnent des résultats très fiables, bien qu’ils soient longs à obtenir. Après tout, la technique a 140 ans.

Aujourd’hui, rien qu’à partir de l’urine, une personne peut savoir si elle est enceinte en quelques minutes seulement. Ok, ce n’est pas une infection. Mais en même temps, nous pouvons dire si nous avons du COVID-19 avec un échantillon du nez. Grâce à la PCR, nous pouvons détecter très efficacement une multitude d’agents pathogènes, tant bactériens que viraux, en quelques heures. Alors pourquoi cette technique est-elle encore utilisée pour diagnostiquer les infections urinaires ?

Cette question vient de trouver une réponse dans The Conversation deux professeurs de l’Université de Reading, Alexander Edwards et Sarah Needs. Dans leur article, ils expliquent les particularités des infections urinaires et pourquoi, curieusement, cette technique établie de longue date est la plus appropriée. Bien entendu, d’autres options aussi efficaces que rapides sont encore recherchées. Le temps, c’est de l’argent, même lorsqu’il s’agit de diagnostiquer une cystite.

Comment diagnostiquer une infection des voies urinaires ?

Pour diagnostiquer une cystite, un échantillon d’urine doit être mis en culture sur des plaques de gélose. Pour ce faire, on prend ces plaques de plastique rondes typiques, appelées boîtes de Pétri, et on y place une couche de gélose.

Il s’agit d’un milieu de culture qui contient tout ce dont les bactéries ont besoin pour se développer et obtenir de l’énergie. Il est déposé à l’état liquide, mais se solidifie ensuite pour prendre la consistance d’une gelée. Ces plaques de gélose constituent le support sur lequel est placé l’échantillon d’urine. Si elle contient des bactéries, une fois la plaque placée à la bonne température, elles vont proliférer pour former des colonies, qui peuvent être quantifiées pour avoir une idée approximative de la taille de l’infection. La forme, la couleur, la taille et même l’odeur des colonies peuvent être utilisées pour indiquer quels types de bactéries sont présents.

Maintenant, il faut garder à l’esprit qu’un échantillon d’urine ne contient pas que des microbes. En fait, il ne devrait pas y en avoir. Dans des conditions normales, il existe d’autres substances, comme l’urée et les sels, qui, avec les différentes valeurs de pH, peuvent altérer toute mesure qui n’est pas effectuée par la culture sur agar.

Test de résistance aux antibiotiques sur un échantillon de diphtérie. Crédit : DFID/ Will Crowne

L’importance de la recherche de bactéries résistantes

Les bactéries résistantes sont de plus en plus fréquentes dans les infections urinaires. Par conséquent, lorsque des cultures sont effectuées, il est courant de réaliser également un antibiogramme. Cela consiste à ajouter différents antibiotiques à la gélose et à vérifier ce qui arrive aux colonies bactériennes. S’il y a des taches chauves, dans lesquelles l’antibiotique a tué les microbes, nous considérerons qu’il s’agissait d’une bactérie sensible à cet antibiotique. En revanche, s’ils restent inchangés, nous savons qu’ils ont développé une résistance à ce produit. Cela nous donne une idée du meilleur traitement.

Quel est le problème ? Tout cela prend du temps. Il faut d’abord attendre que la bactérie prolifère, puis que l’antibiotique agisse, ce qui prend plusieurs jours.

Toute personne ayant souffert d’une infection urinaire sait à quel point elle est ennuyeuse. C’est pourquoi chaque jour sans traitement peut être une torture. Sans compter qu’une infection non traitée peut se compliquer, par exemple en se propageant aux reins. Pour éviter que cela ne se produise, un traitement est parfois prescrit avant que les résultats ne soient connus. Si vous avez de la chance et qu’un antibiotique approprié a été utilisé, aucun changement ne doit être effectué. Toutefois, si les bactéries s’avèrent résistantes à celui qui a été choisi, il faut changer de traitement. Cela augmente la probabilité d’une résistance et est également beaucoup plus coûteux. Mais pour l’instant, c’est la voie à suivre, car il n’y a pas de meilleure technique.

Alternatives pour le diagnostic de l’infection urinaire

D’autres moyens de diagnostiquer les infections urinaires sont actuellement à l’étude. Edwards et Needs en examinent deux en particulier. D’une part, il est possible d’utiliser des caméras numériques qui détectent à l’échelle microscopique ou dans une urine diluée si des bactéries se développent. Le résultat serait obtenu beaucoup plus rapidement qu’avec une culture sur gélose. À l’avenir, le mécanisme pourrait même être relié à un smartphone. En outre, l’effet des antibiotiques pourrait également être testé en quelques heures. Le problème est que cette question est encore à l’étude.

D’autre part, certains laboratoires mettent déjà en œuvre un autre mécanisme, basé sur la spectrométrie de masse. Il s’agit d’une technique qui permet d’identifier la composition d’un échantillon en mesurant les rapports masse/charge des ions résultant de son chauffage jusqu’à sa vaporisation. On utilise des bases de données dans lesquelles on trouve les valeurs des différentes bactéries et on peut identifier la cause de l’infection. Le problème est qu’elle ne convient pas pour mesurer la résistance aux antibiotiques. En outre, les spectromètres de masse sont des appareils coûteux et encombrants, et les échantillons doivent donc être envoyés aux laboratoires qui en sont équipés.

Mais outre ces deux méthodes, le diagnostic de l’infection urinaire à l’aide de l’intelligence artificielle fait également l’objet de nombreuses études. Les réseaux neuronaux sont formés pour pouvoir associer certains symptômes et tests de laboratoire rapides à la cystite. Par exemple, en 2018, un capable de relier le nombre de mictions, le taux d’érythrocytes dans l’urine et la douleur au-dessus de la zone pubienne au diagnostic d’infection urinaire. Cela permettrait d’éviter de prescrire des antibiotiques alors qu’ils ne devraient pas l’être, ce qui est parfois fait dans ces cas-là également. Cependant, elle ne serait toujours pas utile pour détecter la résistance aux antibiotiques.

Ce n’est donc pas parce que la technique utilisée aujourd’hui a 140 ans qu’elle est mauvaise. Après tout, s’il n’a pas été remplacé depuis tout ce temps, il doit y avoir une raison.

Afficher Masquer le sommaire